Wenn in DE zugelassen, vereinfacht das die Sache . Einerseits ist die Maschine dann schon mal zugelassen worden (brauchst natürlich trotzdem ECE-Übereinstimmungserklärung), andererseits kannst Du selber Fahren bzw. das Teil problemlos selber transportieren.
Wenn Du in DE eine Zulassung willst um selber zum Zoll zu fahren (bzw. das Motorrad selber dahin zu transportieren), dann kann dir der Händler keine Rechnung ohne DE-Mwst machen (Warenlieferung ist am Ort wo man die Verfügungsgewalt über die Ware erhält - wenn das in DE der Fall ist, ist DE-Mwst geschuldet). Zwar kann der Händler bei Exportnachweils die Mwst zurückerstatten, aber eben - er kann, er muss nicht (und die Rechnung muss dann selbstverständlich auf Dich lauten und nicht auf einen allfälligen Dritten der eventuell eine Zulassung beantragen soll). Wenn der Händler eine Spedition beauftragt, dann geht die Verfügungsgewalt erst bei Übergabe an den Endkunden über - wenn die Spedition also über den Zoll fährt, dann ist in DE gar keine Mwst geschuldet. Als Privater bist Du kein Spediteur (die sind an der Grenze registriert, haben diverse Verpflichtungen und haften für Zollschulden), hast somit eigentlich keine Möglichkeit ein nicht versteuertes Motorrad in DE selber zu transportieren. Die Idee selber mit dem Bus das Motorrad unversteuert beim Händler abzuholen fällt somit aus.
Wenn man es "einfach" haben will, dann also Händler beauftragen für Spedition ins Ausland und den Spediteur die Zollabwicklung machen lassen. Oder eben in DE Tageszulassung beantragen und dann selber zum Zoll um dort den Export bzw. Import nach CH zu machen. Nachteile ist hier, dass man in DE die Mwst bezahlen und eine Versicherung abschliessen muss um ein Nummernschild zu erhalten. In DE sind Nummernschilder persönlich (die werden nicht wie bei uns "verliehen"), gibt somit Kosten und Aufwand welche auch bezahlt werden müssen - zudem eher unwarscheinllich, dass Du ohne DE-Adresse eine Versicherung erhälst. Die Händler haben meist Möglichkeiten (wie bei uns - Händlerschilder u.ä.) spezielle Zulassungen zu beantragen, ich würde das mal mit dem Händler besprechen und sehen was er als beste Lösung sieht bzw. anbieten kann.
Noch was: Wenn die Maschine "pro Forma" vom Händler an einen Privaten verkauft wird (der die dann zulässt und sie dann Dir verkauft), dann bekommst Du die Mehrwertsteuer gar nicht zurück (Verkauf ist dann Privat an Privat, da gibt es weder Umsatzsteuer noch Vorsteuer-Rückerstattungen). Ob es möglich ist das eine Privatperson eine Versicherung in seinem Namen aber für deine Maschine abschliesst, ist dann auch höchst fraglich, Du riskierst hier in DE Steuerschuldner zu werden, da davon ausgegangen werden muss, dass Du das Motorrad in DE erworben hast zur Vermietung bzw. eine Art Leasing betreibst. Ich wäre vorsichtig mit solchen Ideen, das kann ganz schnell ganz übel teuer werden und zu Mehrfachbelastungen bei Zoll und Mwst führen, zudem müsstest Du in DE ein Gewerbe anmelden - dein Steuerberater wird's freuen
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Wie erwähnt: kein Grund zur Panik, nur eben erst sauber durchdenken und abklären - am Besten eben mit dem Händler zusammen, denn der hat nun mal als Gewerbetreibender mehr Möglichkeiten als eine (erst noch ausländische) Privatperson.
Beim Import in die Schweiz werden Zollabgaben und Mwst fällig, somit hast Du in der Schweiz keine Probleme und kannst das Motorrad selber transportieren. Mit ausländischer Nummer fahren (falls in DE eingelöst) kannst Du dann aber nicht, denn die ausländische Zulassung wurde ja dann aufgehoben und der Fahrzeugschein annuliert. Die MFK wird Dir auch keinen Fahrzeugschein "auf Vorrat" senden, d.h. Du hast gar keine andere Wahl als das Motorrad dann am CH-Zoll mit dem Bus abzuholen weil Du ja noch keine CH-Nummer hast. Noch einfacher: der Spediteur liefert bis an deine Haustür..... (um noch mal daraf rumzureiten: der deutsche Lieferant muss die Spedition beauftragen damit keine DE-Mwst anfällt, sonst funktioniert das nicht).