Hallo, herzlich willkommen mal.
Wie immer bei der Frage der Zulässigkeit, kannst Du Dir natürlich auch eine verbindliche Antwort per E-Mail von deinem Strassenverkehrsamt Deines Vertrauens einholen.
Und möglicherweise können die hier (http://www.v-stromforum.de/) weiterhelfen. Ok, nicht was der rechtliche Teil betrifft, aber sonst bei vielen Fragen.
Da gibt es gleich mal mehrere Probleme welche bedacht werden müssten - was die Sache mit der MFK IMHo doch eher in weite Ferne rücken wird.
Zwar sind die Bremszangen von der gleichen Firma (Tokico), aber zumindest die von der 600er scheint ja auch nicht über jeden Zweifel erhalben zu sein: http://sib-racing.de/?p=1190 - das jedoch kein rechtiches Problem.
Weiter wäre es Zufall, wenn die Bremsscheiben-Gröse passen würde (die DL müsste 310er scheiben haben, die GSX-R je nach Variante 300 oder 320 Millimeter). Eine ABE wird diese Bremsscheibe aber käumlich haben, denn die GSX-R hat eine voll schwimmend gelagerte Bremsscheibe (weil: Sattel ist fest - irgendwo muss sich ein allfälliges Spiel auffangen können), die DL650 hat aber keine schwimmende Bremsscheibe, weil dort der Sattel schwimmend angebracht ist. Ob es Bremsscheiben gibt welche beide Modelle abdecken, weiss ich nicht - wird aber mit Sicherheit die Wahl stark eingrenzen. Und falls Du eine ABS-Version hast, wird das ganz übel, denn da bekommst Du in der Regel nicht mal Stahflex-Leitungen mit ABE (frag mich nicht wieso, soll irgendwie Auswirkung aufs Regel-System haben).
Wenn ich das richtig mitbekommen habe, soll beim GSX-R Bremsumbau eine andere Bremszangen-Aufnahme verwendet werden (irgendwie logisch, weil eben nicht wimmend und der Umbau nur dann Sinn macht, wenn die passende Bremsscheibe von der GSX-R verwendet wird). Und spätestens hier: "da kummst nicht durch" - No way so was bei der CH-MFK durchzubekommen.
Ganz nebenbei: die Ideen welche in den amerikanischen Foren so rumschwirren sind ganz generell fernab jeglicher CH-Strassenzulassung, auch wenn sie manchmal tatsächlich funktionieren (z.B. bei Rallyeumbauten). Klar, manch Hobbi-Schrauber findet es ärgerlich, dass er nicht nach Belieben paar Rohre zusammenschweissen und einen Motor reinhängen kann, aber für irgendwas gibt's schliesslich eine Zulassungsstelle welche die Anforderungen an die Strassen-Sicherheit überprüft - und die dafür benötigten Teile im Typenschein einträgt. Und mal echt: an Bremsen rumzubasteln ist keine gute Idee - auch nicht, wenn das potenziell zu einer verbesserten Bremsleistung führen sollte.
Um nicht nur rumzumotzen: versuch doch erst mal das Fahrwerk in den Griff zu bekommen (weil: ne Rennbrese bei einer Reise-Enduro wird auf Anhieb nicht viel mehr bringen als mehr Geschaukel). Und wenn das Fahrwerk Rennstreckentauglich ist, dann kann man mittels einer guten Scheiben-Bremsbelag-Paarung, Stahlflex-Bremsleitungen und einer Radialen Armatur das Gefühl für die Bremse noch mal etwas verbessern.
Da wo ich persönlich das Problem sehe: wer eine 650er V-Storm kauft und dann an der Bremse rummeckert, der sollte sich überlegen ob er nicht aufs falsche Pferd gesetzt hat. Das ist nun mal eine, wenn auch durchaus recht sportliche, Strassenenduro und kein Rennstreckengeschoss - und gemäss Tests (z.B. Alpenmaster) passen alle Komponenten ziemlich perfekt zu diesem Konzept.
Falls die Bremsen im Laufe der Zeit nur nachgelassen haben, ist das was anseres - aber das lässt sich mit Revisionen (Bremsarmatur, Bremszylinder) und Serviceabeiten wieder auf Neuzustand stellen. Kurz: die Gründe für einen Umbau werden mit zunehmender Aufzählung, auch abgesehen von der MFK, immer kleiner. Wer generell mit dem Konzept klar kommt (das sind viele!) der könnte sich auch überlegen einfach mal auf das neuste Modell umzusteigen (ist im 2012er Alpenmaster drin) - das soll einiges noch einen Tick besser können als die vorherigen Modelle. Und da in der Regel nach Fahrwerk und Bremse der Motor kommt würde ich mal generell den Besuch der kommenden Messen empfehlen - da kommen paar neue Sachen raus welche die (eventuell 
) vorhandenen Schwachpunkte dann noch komplett ausmerzen sollten.
Marc
